Der Anime spielt 2 Jahre später als sein Vorgänger und knüpft an die Story an, die ca. bei Episode 135 endet (danach kommen ja nur noch Füllfolgen, die mit der eigentlichen Geschichte nichts zu tun haben). Zu der Zeit jedenfalls, fand ein erbitterter Kampf zwischen Naruto und seinem Teamkameraden Sasuke statt. Sasuke wollte zur feindlichen Seite überlaufen und sich mit dem bösen Orochimaru zusammentun, was er letztendlich auch getan hat. Damals schwor Naruto, Sasuke zurückzuholen. Doch war ihm klar, das seine Fähigkeiten bei weitem noch nicht ausreichten um Sasuke aus Orichimarus Fängen zu befreien. 2 Jahre sind seitdem vergangen. Naruto ist fast 2 Jahre lang mit Jiraya (dem perversen Eremiten) unterwegs gewesen, um von ihm zu lernen. Nun kommt er wieder zurück nach Konoha und trifft dort auch gleich auf seine Teamkameradin Sakura. Naruto und auch Sakura sind in den 2 Jahren um einiges gewachsen, sowohl körperlich als auch geistig. Ihre Fähigkeiten übertreffen bei weitem alles, was sie früher konnten. Besonders Sakura´s Fortschritte sind wirklich beeindruckend. Trotz allem sind beide doch die gleichen geblieben. Naruto, Sakura und ihr früherer Lehrer Kakashi finden sich als neues Team zusammen. Wenn die Zeit reif ist, wollen sie versuchen, Sasuke zurück nach Konoha zu bringen. Doch fürs erste gibt es noch anderes zu tun. Die Verbrecher-Truppe Akatsuki, zu der auch Sasuke´s böser Bruder Itachi gehört, wird immer aktiver. Zum einen ist bekannt, das sie es auf Naruto abgesehen haben, zum anderen scheinen sie sich aber auch für Gaara zu interessieren...

Pfui! Zwischen Folge 57 und 72 ist ein ärgerlicher Füllerblock eingearbeitet!