Die Geschichte handelt von einer jungen Frau namens Clare. Sie ist eine Kämpferin und gehört zur Rasse der Claymores. Clare lebt in einer düsteren, beinahe mittelalterlichen Welt. In dieser Welt gibt es schreckliche, menschenfressen Monster, die Yoma genannt werden. Claymores, die halb Mensch und halb Yoma sind, wurden nur zu einem einzigen Zweck von den Menschen erschaffen. Nämlich um Yoma zu töten und die Menschen vor ihnen zu beschützen. Sie sind sehr stark und besitzen außergewöhnliche Selbstheilungskräfte. Trotzdem muß eine Claymore ständig auch den Dämonen in sich bekämpfen, der bei Überanstrengung Überhand nehmen kann. Claymores, die sich im Kampf in Yoma verwandelt haben, werden von ihren Schwestern getötet. Auch wenn sie den Menschen helfen, Claymores sind gefürchtet. Das Volk glaubt im allgemeinen, es sei besser einen großen Bogen um die starken Frauen mit den silbernen Augen zu machen... Im Auftrag der mysteriösen Organisation, die Claymores erschafft und ausbildet, ist die unnahbare Clare als Kopfgeldjägerin unterwegs. Eines Tages begegnet sie dem jungen Raki. Raki ist ein Mensch und einer der wenigen, die sich nicht vor Claymores fürchten. Seine ganze Familie wurde von Yoma getötet. Das Dorf in dem er lebt will ihn loswerden, er könnte ja weitere Yoma anziehen. Der einsame Junge heftet sich an Clares Fersen um sie von nun an zu begleiten. Die Claymore ist zunächst nicht begeistert über die Situation, aber Raki ist hartnäckig. Als er sie während eines Auftrages davor bewahrt, selbst zu einer Yoma zu werden, lernt sie ihn zu schätzen.